日本大学研究力前50强完整榜单如下：
注：*为国立大学、◎为私立大学、无标记则为公立大学
图表来源：（日本）大学通信网
NO.1东京大学：
这所日本最古老的国立大学创建于1877年，校内设有多个国际高等研究所、尖端研究中心、直属科研机构，附属研究所、及高水平研究中心。这些研究机构引领着各领域的研究活动，包括先端医疗开发、地震研究、分子细胞生物学以及社会科学研究等。
东京大学综合实力稳居日本国内第一位，与排名第二位的京都大学共同构成日本科教金字塔的最尖端。东京大学所有学科门类均无明显短板，在理学、医学、文学、工学、政治学等领域拥有世界级的学术影响力，在土木、建筑学领域更是居于最尖端队列。
NO.2京都大学：
京都大学拥有京都大学iPS细胞研究所、京都大学数理解析研究所、京都大学防灾研究所等多个一流的科研机构。截至2020年，共有19位诺贝尔奖得主与京都大学存在某种程度的关联，其中校友和教授共11位。世界上第一位黄种人诺贝尔奖得主汤川秀树亦为该校教授。
京都大学与东京大学虽为日本东西两方同等齐名的国立大学，但它们的传统与办学目标迥然不同。东大以培养治国人才为主；京大则以培养科学家见长。京大从创校以来就有理重于文的传统，在全校的学部、研究所、教学与科研中心中理科明显占优势。一向注重于学术上的高标准，尤以理科著称，因而形成了自在特色的“京都学派”。从机构的设置和科学研究的组织上也可以充分看出京都大学的特色。有不少研究所和中心是全国独一无二的，先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究准备了得天独厚的条件，研究人员如鱼得水，因而无论在研究课题和研究成果上在日本均很有影响。
NO.3东北大学:
根据2022QS世界大学排名，东北大学在自然科学领域排名世界第35位，其材料、工程、物理、药学、语言学、社会学等学科均处于世界一流地位。大学同时名列2020泰晤士高等教育日本大学排名第1位。
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